Отдел архитектуры и реставрации был создан в 2003 году.

     Работа отдела архитектуры и реставрации строится на основе Перспективного плана развития музея. Приоритетным направлением деятельности музея является сохранение, реставрация и музеефикация памятников архитектуры. Отдел занимается проведением процедур закупок ремонтно-реставрационных и проектных работ, согласованием проектно-сметной документации в установленном порядке, получением необходимых разрешений, проверкой соответствия качества выполненных работ проектным предложениям и действующим нормам и правилам, осуществлением технического надзора, приемкой выполненных работ.

    В настоящее время в оперативном управлении музея находится 78 памятников архитектуры. К ним относятся ансамбли Кирилло-Белозерского, Ферапонтова, Горицкого монастырей и деревянная церковь Ильи Пророка (1755 г) Кирилловского района. Все они относятся к объектам особо-ценного значения РФ. Ферапонтов монастырь с фресками Дионисия (1502 г) включен в свод памятников, охраняемых ЮНЕСКО. Важным направлением деятельности отдела является учет памятников архитектуры. К настоящему времени проведена техническая инвентаризация всех объектов, регистрация в Едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и в Реестре федерального имущества, составлены акты технического состояния и охранные обязательства. ГУП ЦНРПМ МК РФ (г. Москва) разработаны проекты зон охраны Кирилло-Белозерского и Ферапонтова монастырей.

     Отдел архитектуры и реставрации занимается организацией работы и контролем за осуществлением проектных и реставрационных работ, которые выполняются силами подрядных производственных организаций, выбранных на основании конкурсных торгов.

     В 2008 году ГУП ЦНРПМ МК РФ разрабатывает проекты реставрации и приспособления центрального комплекса Успенского собора (1497 г) и Казанской башни (1658-1659 гг). ООО «Реставрационный центр - Архитектура, Производство, Обучение» (г. Кириллов) завершает реставрационные работы на Домике Келаря (XVII в.) и деревянной церкви Ильи Пророка (1755 г.) Кирилловского района, которая не имеет аналогов. В 2007 году данная организация завершила реставрацию комплекса церкви Введения с трапезной палатой (1519 г.). ООО «Электра» (г. Череповец) в текущем году планируется сдача в эксплуатацию Караульных келий при Казанской башне (1658-1659 гг). В 2007 году эта фирма завершила реставрацию Служебного корпуса (Просфорни) XIX века в Ферапонтовом монастыре.

     Кроме того, ООО «РЦ-АПО» разработана научно-проектная документация для реставрации  уникальной деревянной церкви Ризоположения (1485 г.), которая является самой ранней точно датированной деревянной постройкой в нашей стране. С ООО «Наука-Строительству» (г.Санкт-Петербург) заключен государственный контракт на проектные работы по церкви Преображения (1585 г.).  ООО «МК-Проект» (г.Вологда) выполнен проект противоаварийного укрепления крепостных стен XVI в, располагающихся вдоль Сиверского озера. 

    Ни одна реставрация не обходится без предварительных археологических исследований, которые ежегодно проводятся НПЦ «Древности Севера» (г. Вологда). Их находки нашли свое место в экспозиции «Древности Белозерья», которая размещается в недавно отреставрированной трапезной палате с церковью Введения.

     Государственным научно-исследовательским институтом реставрации (г. Москва) под руководством О.В.Лелековой на протяжении шестидесяти лет ведется консервация фресок Дионисия (1502 год) в Соборе Рождества Богородицы Ферапонтова монастыря. За эту работу авторский коллектив был удостоен государственной премии. Московским научно-реставрационным художественным управлением в течение нескольких десятилетий ведется реставрация живописи в Успенском соборе и в Святых вратах Кирилло-Белозерского монастыря.

     Сотрудниками кафедры инженерной геологии Российского государственного геологоразведочного университета (РГГУ) совместно с сотрудниками отдела проводятся исследовательские работы на территории музея-заповедника. В результате работ дана характеристика инженерно-геологических условий территории Кирилло-Белозерского монастыря, охарактеризован режим функционирования памятников, установлены основные причины деформаций памятников. Данная работа отражается в отчетах и в актах осмотра технического состояния памятников. С целью принятия согласованного решения по вопросу стабилизации и регулирования уровня воды в Сиверском озере, во исполнение решения Президента России В.В.Путина от 21.05.2007, музеем совместно с проектантами, гидрогеологами, археологами прорабатывается вопрос о проведении дополнительных исследований по определению степени влияния Сиверского озера на состояние оснований и фундаментов архитектурных памятников музея.

      Также отдел архитектуры и реставрации занимается сбором информации для формирования базы данных «Архитектурные памятники Кирилло-Белозерского музея-заповедника». Эта работа позволяет накапливать различные отчеты, публикации, проекты, паспорта, рекомендации, фотофиксации; в будущем оценивать и прогнозировать техническое состояние памятников истории и культуры.