Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
Новости
1 августа 2007 г. откроется передвижная фотоиллюстративная выставка «Знаменитые кирилловцы». Её создание осуществляется в рамках музейного проекта «Земля кирилловская» в целях популяризации имён выдающихся деятелей России – уроженцев Кирилловского района, а также с учетом потребностей учреждений образования и культуры Кирилловского района.