Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
26.05.2012
25 мая 2012 года музей посетил управляющий делами Московской Патриархии Митрополит Саранский и Мордовский Варсонофий
Побывав в соборе Рождества Богородицы Музея фресок Дионисия (Ферапонтов монастырь), он оставил следующую запись: «С благодарностью к хранителям величайшей русской святыни. Пусть Господь благословит всех вас на дальнейшие труды и заботы о национальных ценностях. Пусть Господь присутствует здесь Своей благодатью освящая паломников и туристов. Будем жить надеждой, что когда-нибудь вновь на этом месте возродить монашескую жизнь».