Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
12.09.2011
В Музее Фресок Дионисия новый директор.
С 12 сентября 2011 года музей возглавила Ирина Николаевна Паршукова. На работу в музей И.Н. Паршукова пришла 1 августа 2003 года на должность научного сотрудника, с февраля 2010 года руководила экспозиционно-выставочным отделом. Коллеги музейщики поздравляют Ирину Николаевну с назначением.