Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
25.02.2011
Музей посетила делегация Можайского муниципального района Московской области
В 2008 году между Администрацией Кирилловского района и столичным муниципалитетом был подписан «Договор о породнении», согласно которому стороны обязуются проводить регулярную работу по ознакомлению с жизнью, историей, культурой, традициями и обычаями друг друга. Церемония была приурочена к 600-летию Можайского Лужецкого монастыря, основанному преподобным Ферапонтом. Кроме того, город Кириллов входил в начале XIV века в Можайское княжество.
Гости ознакомились с архитектурным ансамблем Кирилло-Белозерского монастыря, встретились с директором музея-заповедника М.Н. Шаромазовым.