Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
06.09.2010
В Караульных кельях музея прекратила работу выставка ««500 книжных знаков из собрания С.Г. Ивенского»
В настоящее время там производится монтаж новой временной выставки приуроченной к юбилею заместителя директора по хранению Вороновой Ольги Викторовны.
Ольга Викторовна является большой поклонницей кошек. Она собрала большую коллекцию этих замечательных животных. Кошки на выставке будут представлены в разных видах: игрушки, посуда, фотографии, сувениры и т.д.