Эскизный проект реставрации церкви был разработан архитекторами ООО «РЦ-АПО» А.В.Поповым и Л.А. Лупушор в 2006 году за счет средств областного бюджета. В 2007 году проект три раза рассматривался на заседании научно-методического совета Министерства культуры, в 2008 году согласован письмом Росохранкультуры. В апреле 2009 года музей провел конкурсные торги на производство работ, единственная заявка на участие в конкурсе поступила от ООО «РЦ-АПО» А.В.Попова, в мае был заключен государственный контракт. Реставрация проводилась за счет средств федерального бюджета.

      Так как с 1 июня 2009 полномочия по охране данного памятника осуществляются Департаментом культуры и охраны историко-культурного наследия Вологодской области, возникли разночтения о порядке согласования и объеме проектной документации. Из-за указанных разночтений разрешение на производство реставрационных работ департаментом было выдано только 26 октября 2009 года. В результате подрядчик не успел выполнить работы в полном объеме в период  действия контакта до 25 декабря 2009 года. Контракт на производство работ 2009 года расторгнут. В 2010 году вновь проведены открытые конкурсные торги, единственным участником конкурса было ООО "РЦ-АПО", с которым заключён новый контракт.

      В период предпроектного обследования и во время разборки зафиксировано следующее:

      Особенности северного климата привели к интенсивной эрозии поверхности сруба и образованию глубоких трещин;

Ошибки реставрации XX века:

1) церковь имела наклон на восток;

2)полностью проигнорирована первоначальная технология, использованы пиленые бревна и доски, что не соответствует принципам ИКМОС о применении исторических инструментов и материалов;

3) часть элементов сруба при последней реставрации была сбита на гвоздях, которые разрушают древесину;

4) кровля выполнена из дороженого теса, прибитого гвоздями к первоначальным слегам, на гвоздях главки и барабаны, что является весьма сомнительным при общем безгвоздевом решении конструкции сруба, полов, потолков, столярных заполнений.

5) кровля, главки и барабаны сделаны не герметично, дождевая вода  постоянно попадала внутрь;

6) в пазах между бревен имелись значительные очаги гниения;

7) элементы сруба имели сдвиг относительно друг друга;

8) уровень пола был поднят на 20 см по отношению к первоначальному.

      В настоящее время памятник отреставрирован до уровня потолков с максимальным сохранением подлинного материала, укреплением и протезированием разрушенных мест. Реставрация производилась с соблюдением старых технологий: использованы топоры, созданные по образцу инструмента XV века, найденного вологодскими археологами.

      В летний сезон 2009 года над памятником возведен временный защитный павильон с кессонами для хранения церкви после разборки, все элементы сооружения промаркированы.

     В процессе реставрации методом полной переборки подведены новые фундаменты, при этом церковь поднята на 80 см над уровнем земли, что необходимо для организации мониторинга подпольного пространства.

      Нижние реставрационные венцы 1950-х годов и XIX века заменены на новые с восстановлением круглых углов в интерьере из древесины хорошего качества, обработанной по старой технологии.

      В церкви удален поздний фризовый пол, под ним был обнаружен первоначальный пол XV века, который установлен на место. В трапезной удалены полы XIX века, новые полы воссозданы по образцу первоначального пола в церкви.

      Реставрация венцов сруба выполнялась методом протезирования: производилась зачистка гнилого места до здоровой древесины, протезы конструктивно крепились к старым бревнам нагелями, а не клеем. С использованием протезов воссозданы сгнившие концы бревен сруба. Из сохранившихся элементов XV века полностью заменено только одно бревно на южном фасаде церкви.

      Во время работы на объекте побывали члены рабочей группы по надзору за производством работ, созданной при Экспертном совете Росохранкультуры. Действительный член РААСН, доктор архитектуры, профессор В.П. Орфинский констатировал безупречное отношение к реставрации памятника XV века. Главный архитектор из института «Спецпроектреставрация» Б.Д.Лурье дважды побывал в Кириллове, он также отметил отменное качество работ и максимально возможную сохранность подлинных элементов памятника.

      В новом 2010 году перед музеем и подрядчиком стоит задача завершения реставрационных работ на памятнике. Это, прежде всего, устройство кровель. В согласованном эскизном проекте предусмотрено воссоздание главок, покрытых лемехом, т.е. вариант, где используют гвозди. Такой вариант является лишь данью привычному для нас восприятию церкви. В процессе разборки и при дальнейших изысканиях появились новые данные, которые ставят под сомнение согласованное проектное решение.

      Исходя из обнаруженных следов и деталей, можно с уверенностью говорить о покрытии кровель трапезной и алтарной частей безгвоздевой крышей по курицам и потокам. Об этом свидетельствуют следующие признаки: на концах князевой слеги трапезной имеются два сквозных отверстия диаметром 20 мм от сорок, в месте примыкания охлупня трапезной к западной стене церкви имеется четкий след – бороздка от гребешка охлупня, в верхних венцах стен и нижних слегах имеются следы от куриц. При этом непосредственно гидроизолирующей кровлей служили берестяные маты – на слегах сохранилось несколько кусочков бересты. Конструкция клинчатой кровли церкви вероятно была другой. Есть основания считать, что скрепленные между собой с помощью врубок тесины из полубревнышек вешались на слеги и снизу закреплялись гнетом. Эта конструкция была нужна лишь для того, чтобы удержать берестяные маты. При общем безгвоздевом решении сруба и кровли возведение главок и барабанов становится спорным. При устройстве главок покрытие кровель придется крепить гвоздями

      Все вышеперечисленное, неточности предыдущей реставрации, так или иначе может быть решено в процессе проведения реставрационных работ, за исключением ключевой проблемы - сильной инсоляции древесины сруба.

      Очевидна уникальность ситуации, сложившейся в Кирилловском музее – музей стал хранителем не просто самого древнего точно датированного деревянного храма, но и хранителем первоначального убранства его интерьера. Иконы из церкви Ризоположения с середины 50-х годов хранились в музее им.Андрея Рублева. В 1998 году, благодаря активной позиции губернатора Вологодской области В.Е. Позгалева, вернулись иконы деисусного ряда, местные иконы и царские врата. Традиционно эта часть комплекса датируется XVI веком, лучшие в художественном отношении иконы оставались в Москве и были возвращены музею после нового обращению губернатора к министру культуры А.А. Авдееву в марте 2009 года.

     Это чрезвычайно интересно в условиях начинающейся реставрации церкви Ризоположения: в ходе проводимых работ можно создать условия, когда иконостас церкви будет представлен зрителям в родном интерьере, таким образом, возможно создание экспозиции, не имеющей аналогов у нас в стране.

     Даже при успешной реставрации оставлять памятник незащищённым от солнца, ветра и дождя нельзя, так как завершится его разрушение. Если же говорить о восстановлении интерьера, то этому будут препятствовать все существующие музейные правила о сохранении экспонатов.

      Решением этих и других возникающих проблем может стать возведение над церковью защитного павильона, где можно будет создать благоприятный и постоянно поддерживаемый климат и обеспечить пожарную и прочую охрану. Сама церковь Ризоположения становится экспонатом. Кроме защиты постройки и восстановления интерьера с подлинным иконостасом, такой павильон даст возможность создания полноценной экспозиции, связанной с богатой историей церкви Ризоположения, с историей Ферапонтова монастыря, с архиепископом ростовским Иоасафом, а также с историей строительства клетских церквей, с историческими технологиями обработки дерева и инструментами, использовавшимися нашими предками. Конструкция и внешний вид павильона - это отдельная, очень непростая, но интересная тема.

       В 2006 году на стадии подготовки задания на реставрацию памятника музеем рассматривалось несколько вариантов его сохранения, в том числе и перемещение его за пределы монастыря. Этот вариант требовал поиска и оформления в пользование музею земельного участка, получения технических условий и подводки инженерных коммуникаций, дополнительных затрат на эксплуатацию и охрану, поэтому музей от этой идеи отказался.

      Сооружение защитного павильона обсуждалось на заседаниях и рекомендовано протоколами заседаний Федерального научно-методического совета по охране и сохранении культурного наследия и Экспертного совета при Росохранкультуре.

       Есть одна главная задача: сохранение уникального памятника. Эта задача многогранна. Это и качественная реставрация, и дальнейшее его экспонирование и популяризация.