Научно-исследовательская работа является сравнительно новым на­правлением работы т.к. длительное время в музее не было специали­стов. Работа по изучению коллекций, начатая в 20-е годы возобно­вилась только в конце 1970 г.г. Полноценно реализовать научный потенциал музея позволило постепенное изменение его статуса и увеличение финансирования на основные виды деятельности. В 1993 году по решению Администрации Вологодской области музей был переведен с районного бюджета на областной. Но еще более ощутимый толчок в развитии дало включение музея – заповедника в 1997 году в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов РФ. В течение 2001 - 2003 гг. штат музея увеличился почти вдвое, что позволило создать развитую структуру, решить многие проблемы совершенствования деятельности музея. В настоящее время основные уси­лия музея сосредоточены на каталогизации коллекций и исследова­ниях краеведческого характера, вызванные необходимостью заполни­ть многие лакуны в изучении истории и культуры Белозерья, Кирилло-Белозерского монастыря, г. Кириллова, Кирилловского уезда. Значите­льная работа по этим направлениям уже проделана в связи с подготовкой проекта создания национально­го парка "Русский Север" и разработке Охранных зон Кирилло-Белозерского и Ферапонтова монастырей. В работе находятся каталоги по следую­щим темам; древнерусское прикладное ис­кусство, шитьё ХV - ХVII вв., плетёное кружево ХVII - XX вв., гончарное искусство Белозерья XIX - XX в.в., холодное и огнестр­ельное оружие ХVII - XIX вв., рукописные книги ХV-ХIХ вв. В 2003году музеем опубликован каталог иконописного собрания ХV-ХVII вв. В последующие годы вышли каталоги крупных межмузейных выставок «Художественное наследие Дионисия», «Святейший патриарх Никон. К 400-летию со дня Рождения», «Нил Сорский и основанная им пустынь».

В последние десятилетие определилась тематика исследований, направленных на осмысление и выявление роли монастырей и их основателей в духов­ном, культурном развитии Белозерья. Ряд конференций: "Культура Белозерья ХV - XХ в.в." и "Собору Рождества Богородицы 500 лет", Кирилловские и Ферапонтовские чтения, организованные музеем, подытожили результаты усилий учёных раз­ных профилей и положили начало изданию "Ферапонтовского сборника" и историко-краеведческого альманаха "Кириллов". Последний появился в связи с участием музея в в уникальном проекте Вологодской области «Старинные города Вологодской области». С 1994 г. по 2007г. музей издал собственными силами 6 историко-краеведческих альманахов и по числу выпущенных изданий вышел в лидеры этой серии.            

Необходимость создания новых экспозиций, в которых ведущей темой станет монастырь: его история, история его коллекций, архи­тектурный ансамбль, собрание книг, изделия ремесленных монастырских мас­терских, поэтической школы и т.д., предъявляет определённые требова­ния и к тематике научных исследований, сосредоточенных в двух главных нап­равлениях.

1. История Белозерья.

История монастырского освоения края в ХIII - ХVII в.в.

Монастыри и монастырские вотчины.

Агиография Белозерья.

ХVIII - XIX в.в. в истории Белозерья.

Усадебный быт.

Приходская об­щина.

Город Кириллов.

XX в. в истории Белозерья.

Закрытие монастырей, сельских приходов.

История музея.

 

2. Художественная культура Белозерья.

Живопись и архитектура ХV - ХVII в.в.

Иконопись ХVIII - XIX в.в.

Книжность Белозерья ХIV - XIX в.в. Монастырские книжные издания.

Архитектура приходских церквей ХVIII - XIX в.в.

Традиционное народное творчество.

 

Исследования по перечисленной тематике осуществляются в настоящее время силами сотрудников музея с привлечением специалистов Пушкинского дома, Института искусствознания, Института археологии, ведущих музеев страны, без которых  невозможно воссоздать полную картину духовного и культурного зна­чения обителей Северной Фиваиды. Музей вынужден заказывать специалистам узкопрофильных дисциплин разработку ряда вопросов. К их числу могут быть отнесены следую­щие темы: Певческая школа Кирилло-Белозерского монастыря, исследова­ние состава, веса и звуковых данных колоколов /для восстановления колокольни/, генеалогия боярских и княжеских родов, имевших родо­вые погребения в Кирилло-Белозерском, Ферапонтовом и Горицком мо­настырях; монастырские некрополи и т.п.

Научная работа музея осложнена удалённостью архивов и сезо­нным характером экскурсионной работы.