История возникновения и развития Кирилло-Белозерского музея-заповедника во многих отношениях типична и может служить иллюстрацией превращения культовых ансамблей и отдельных сооружений в музеи. Официально Кирилловский музей возник при советской власти, в 1924 году, но этому предшествовала длительная предыстория. Попытку устроить музей в стенах Кирилло-Белозерского монастыря предпринял в 1906 -1908 гг. иеромонах Антоний (А.А. Александров). Но его начинание не нашло поддержки у властей монастыря. С 1917 по 1921 год в монастыре хранились материалы Государственного архива, эвакуированного из Петрограда. В 1919 году в монастыре начались ремонтно-реставрационные работы. Ученые – архивисты, архитекторы, реставраторы, представители местной власти и общественности города Кириллова делали неоднократные попытки организовать в Кириллове музей памятников старины и искусства, но они увенчались успехом только в конце 1924 года.

Первое время Кирилловский музей был филиалом (отделом) Череповецкого окружного губернского музея. В 1926 году он был передан в ведение Главнауки Наркомпроса и стал самостоятельным музеем. За Окружным музеем сохранились лишь функции методического контроля и оказания практической помощи в становлении молодого собрата. В этот период на территории Кирилло-Белозерского монастыря, кроме музея, размещались детский дом, квартиры, хранилища зерна, соли, дров, сена.

Первый директор – заведующий музеем Александр Александрович Холмовский занимался постановкой коллекций на учет, выявлением ценных предметов из имущества церквей, монастырей, усадеб. В 1929 году в музее открылась первая постоянная экспозиция. Она состояла из семи разделов и давала представление о колонизации края и истории монастыря. Основная экспозиция работала круглый год, а в летнее время для осмотра открывались и архитектурные памятники. Плата взималась только лишь за ведение экскурсий. К этому времени наметилось и стратегическое направление развития музея как архитектурно-исторического и художественного, что соответствовало наличию большого количества памятников архитектуры и составу фондовых коллекций.

Однако это верное и естественное развитие музея вскоре было прервано. С 1930 года резко сократилось финансирование музея, что привело к сокращению штата, свертывание научной, экспозиционной работы. Вместе с переходом на финансирование из местного бюджета изменилась и подчиненность музея. С 1930 года он перешел в ведение Кирилловского отдела народного образования. Перевод на местный уровень дал широкую возможность партийным и советским органам активно вмешиваться в жизнь музея. Основным направлением в работе стало краеведение, показ достижений социалистического строительства, что явно не соответствовало ни характеру памятников, ни содержанию коллекций. Процесс реорганизации Кирилловского музея в краеведческий затянулся до 1935 года. За это время изменилось содержание экспозиции музея, подходы в комплектовании фондов, экспедиционная работа свелась к обследованию колхозов и совхозов, к изучению «естественных производительных сил края». Новая историческая выставка, построенная в 1934 году, носила уже явно идеологический характер. Она, по замыслу устроителей, должна была раскрыть «реакционную сущность монастыря-феодала». Через два года её, по решению бюро райкома КПСС, дополнили материалами о жизни и быте крестьян при крепостном строе. Кроме постоянной экспозиции в крепостной стене ХVII века открыли выставку «Монастырская тюрьма» с показом интерьеров келий, где содержались заключенные I половины XVIII века. На основе выставки в трапезной палате построили в 1937 году «целостную экспозицию на основе марксистко-ленинского учения об общественно-экономических формациях». Она включила в себя и отдел социалистического строительства. Для выдачи справок, консультаций при музее была создана комната посетителя с набором краеведческой и справочной литературы. В дни работы музея там постоянно находился один из сотрудников музея, который отвечал на вопросы посетителей и вел журнал учета. В этом журнале отмечался количественный и социальный состав экскурсантов. Так в 1934 году Кирилловский музей посетило 224 рабочих, 548 колхозников, 754 служащих, 973 школьника.

В 1937 году в музее приступили к строительству отдела природы, а в 1938 году, под настойчивым давлением местных властей, в церкви Кирилла появилась антирелигиозная выставка. Деятельность музея находилась под жестким контролем со стороны партийных и советских органов. В районной газете периодически появлялись статьи о работе музея, они порой содержали резкую и необъективную критику. Например, автор статьи «За монастырской стеной» отмечал, что руководство музея (О.П.Бояр, К.В. Борисов) отнеслись к созданию антирелигиозной выставки формально, обвинял работников музея в политической близорукости, требовал «проверить аппарат музея, очистить его от проходимцев и врагов народа…, потребовать от них четкой и добросовестной работы». Последовавшая за ней формальная проверка привела к отстранению директора музея от должности, а затем дело на него было передано в суд. Подвергся репрессиям и научный сотрудник музея И.Ф. Фрейберг. Основным «недостатком» в деятельности музейщиков было то, что они недостаточно занимались пропагандисткой деятельностью, а сосредоточили основное внимание на памятниках».

Однако, несмотря на политические бури, затронувшие и Кирилловский музей, работа в нем продолжалась по всем направлениям. Под руководством архитектора Данилова В.В. активно велись ремонтно-реставрационные работы. Усилиями кирилловских реставраторов был восстановлен фундамент, произведена вычинка стен, перекрыта кровля на Малой больничной палате. В 1920 году для поддержки крепостных стен, идущих вдоль Сиверского озера, установили деревянные контрфорсы. В Святых воротах для защиты живописи установили деревянные решетки. Большой объем работ был выполнен на Свиточной башне. В последующие годы были восстановлены своды в Больших больничных палатах, заменена кровля. В 1936-1939 годах были проведены обмеры многих памятников, убраны деревянные крылечки-сени с наружной стороны стены у Казанской башни, укреплены фундаменты стены ХVII века между Московской и Косой башнями. Темпы работ могли быть еще выше, но нехватало объемов финансирования, были проблемы со снабжением стройматериалами. Олифу, например, завозили из Ленинграда. Одновременно с архитектурной реставрацией велась работа и по реставрации монументальной и темперной живописи. Музей и его сотрудники принимали активное участие в проведении археологических раскопок на территории Кирилловского района (неолитическая стоянка на островке Сиверского озера, свайное поселение на реке Модлоне) и на территории музея- поиски Оружейной палаты.

Изменение профиля музея негативно отразилось на отношении вышестоящих организаций и местных органов власти к коллекциям музея. В 30-е годы неоднократно проводились изъятия из музея изделий из серебра, церковных тканей, икон и т.п. Уже из фондов музея вывозились иконы, гравюры для пополнения коллекций других музеев, главным образом столичных. В 1933 году была вывезена в Ленинград и значительная часть архива монастыря. При этом счет шел не на листы и отдельные рукописи, а на вес. Всего инспектор Ленинградского областного архивного управления Б.М. Соснов «вывез 53 ящика архивных рукописных материалов» общим весом 4551 кг. В краеведческом музее легче решались и вопросы списания «непрофильных материалов». В августе 1932 года были списаны иконы из иконостаса Введенской церкви и часть другого имущества Кирилло-Белозерского, Ферапонтова, Горицкого монастырей. Как правило, такие вопросы решали эксперты ведущих музеев или представители охраны памятников. К счастью сотрудники Кирилловского музея не спешили выполнить многие такие указания, что позволило сохранить ряд ценных памятников до наших дней.

В дни Великой Отечественной войны музей не закрывался. Хотя количество сотрудников в нем резко сократилось. Некоторые из них так и не вернулись с полей сражений. Осенью 1941 года, музей взял на себя заботу об экспонатах эвакуированных из Новгорода. В 1942 году при приближении линии фронта к границам Вологодской области музей стал готовиться к частичной эвакуации. Иконы ХУ века из иконостаса Успенского собора были упакованы и подготовлены к вывозу; оружие, колокола закопали в Больших больничных палатах. В декабре 1941 года пришлось свернуть и постоянную экспозицию музея, так как на её месте, в обширной трапезной палате, разместили мастерскую по ремонту самолетных двигателей; ряд зданий музея заняли воинские части. Ремонтно-реставрационные работы возобновились в музее в 1943 году. Посетившая в тот же год Кириллов правительственная комиссия по учету и охране памятников выработала рекомендации по улучшению охраны памятников в военное время. Однако, прерванный войной процесс реставрации набирал силы медленно. Только к 1948 году музей стал полностью осваивать средства, отпущенные на эти цели.

Первые послевоенные годы были наиболее трудными во всей истории музея. Штат 1946 года предусматривал лишь директора и трех сторожей, причем один из них шел по Ферапонтову. В 1948 году начались работы по восстановлению отделов истории и природы. Новые экспозиции строились медленно, так как не хватало опытных музейщиков, и почти не велась собирательская работа. Кроме того директора и научных сотрудников музея постоянно отрывали для участия в пропагандистских мероприятиях.

В 1953 году в Кириллов приехала группа архитекторов Центральных научно-реставрационных мастерских при Академии архитектуры СССР, которая наметила первоочередные задачи по спасению памятников, находящихся в аварийном состоянии, и заложила основы научно-исследовательских и реставрационных работ. В 1957 году был создан Кирилловский реставрационный участок Вологодской научно-реставрационной производственной мастерской. Силами участка началось последовательное выведение памятников Кирилло-Белозерского и Ферапонтова монастырей из аварийного состояния. Долгое время руководил этим процессом московский архитектор Сергей Сергеевич Подъяпольский.

Подводя итоги деятельности музея в 1920-1950-е годы, нужно отметить, что, несмотря на значительные отклонения от своего естественного пути развития, особенно в период 1932-1955 годов, усилиями музейщиков-энтузиастов удалось не только спасти, сохранить, но частично и восстановить бесценные художественные и архитектурные памятники Кирилло-Белозерского монастыря. Удалось существенно пополнить фондовые коллекции музея. Комплексные экспедиции в Вашкинский, Белозерский, Вологодский, Вожегодский районы Вологодской области позволили выявить и приобрести много произведений народного искусства. За успешную работу в период Всероссийского смотра учреждений культуры музей, в 1958 г., был отмечен Почетной грамотой.

В декабре 1955 года,   Министерство культуры РСФСР, решило изменить статус Кирилловского краеведческого музея, структура и задачи которого находились в явном противоречии со значением архитектурных ансамблей и составом музейных коллекций. Однако, процесс превращения краеведческого музея в историко-художественный затянулся на годы. Коллектив музея профессионально был не готов к решению новых задач. Только с середины 1960-х годов началась планомерная реставрация иконописи, а в 1968 году появилась первая экспозиция древнерусского искусства. В штате музея появились искусствоведы, началась серьезная работа по комплектованию коллекции народного искусства Белозерья. Позитивные изменения в жизни музея были закреплены Решением Совета Министров РСФСР 1968 года о повышении статуса музея и создании Кирилло-Белозерского историко-архитектурного и художественного музея-заповедника. В феврале следующего года было утверждено Положение о музее-заповеднике. Правительственным решением, помимо памятников Кирилло-Белозерского монастыря, за музеем закреплялись архитектурные ансамбли Ферапонтова и Горицкого монастырей с целью из изучения, охраны и контроля за ходом реставрационных работ. В том же документе предусматривалось проведение большого комплекса работ на памятниках и вокруг них: создание охранных зон, мероприятия по благоустройству города Кириллова, прокладке асфальтированных дорог, приведению в порядок береговой полосы Сиверского озера, вывод баз и складов с территорий, примыкающих к музею. И не смотря на то, что выполнена была лишь часть этой программы, создание музея-заповедника благотворно отразилось на развитие города и Кирилловского района. Постановление 1968 года ускорило строительство дороги Вологда – Повенец с отворотом на Кириллов и Ферапонтово. В городе построили гостиницу, турбазу. Началось активное строительство благоустроенного жилья. Застройка осуществлялась по плану, предусматривающему сохранение охранных зон вокруг монастыря.

Новый статус музея привел к значительному его расширению. В 1974 году памятники Горицкого монастыря были официально закреплены за музеем-заповедником. В 1975 году филиал музея в Ферапонтове монастыре стал называться Музеем фресок Дионисия и получил соответствующий штат сотрудников. В 1979 году филиалом музея стал музей в соседнем городе Белозерске.

Создание музея-заповедника способствовало количественному и качественному росту кадров научных сотрудников. Их усилиями были перестроены все экспозиции, построены десятки новых выставок, на новую ступень поднялась работа по комплектованию фондов музея. Активная экспозиционная, собирательская, хранительская работа заслужила одобрение и была отмечена в 1983 и 1984 годах Дипломами II степени Министерства культуры РСФСР.

Появление филиалов, расширение экспозиционных площадей, реставрация художественных памятников, издательская деятельность потребовали развития научной работы в музее. С середины 1980-х годов был взят курс на углубленное изучение памятников и фондовых коллекций. Началась работа над каталогами. Научные сотрудники музея стали принимать активное участие в научных конференциях, семинарах, конгрессах. Статьи кирилловских музейщиков стали регулярно появляться на страницах научных сборников и в периодических изданиях. Ежегодно музей стал издавать свои буклеты по выставкам и экспозициям.

Качественные изменения произошли в собирательской, фондовой работе. Кирилло-Белозерский музей-заповедник одним из первых в стране перешел на вторую систему учета. В 1990 году в музее был открыт открытый фонд керамики. Значительно выросли музейные коллекции. В 1924 году музею в «наследство от монастыря» досталось 395 экспонатов, в 1956 году их насчитывалось уже 7805, в 1991 году свыше 29 тысяч. Из приобретенных экспонатов многие поступили в дар от населения, в том числе колокола, иконы; значительная часть экспонатов поступила в результате работы комплексных экспедиций музея. Все это позволило сформировать ценные коллекции древнерусского и народного искусства, археологии, письменных источников.

К концу 80-х годов ХХ века многие направления музейной работы были свернуты в связи с нестабильной социально-политической ситуацией в стране, ростом инфляции, удорожанием транспорта и сервисного обслуживания, падением жизненного уровня населения. Посещаемость музея-заповедника к 1993 году упала в четыре раза. Ряд лет не финансировались реставрационные работы, не комплектовался библиотечный фонд музея, прекратилась экспедиционная деятельность музея.

Правда в связи с тем, что с летней навигации 1991 года музей-заповедник вошел в новый водный туристический маршрут «Москва – С-Петербург» с заходом комфортабельных теплоходов с иностранными туристами на Валаам, Кижи ситуация несколько изменилась. На этом маршруте Кириллов стал визитной карточкой Вологодской области. Правительство Вологодской области оказало музею необходимую материальную и моральную поддержку. В 1993 году была разработана Программа подготовки и празднования 600-летних юбилеев Кирилло-Белозерского и Ферапонтова монастырей. В ходе реализации этой Программы были выполнены многие проекты по реставрации и музеефикации памятников, была реализована обширная выставочная и издательская программа. Указом Президента РФ от 2 апреля 1997 Кирилло-Белозерский музей – заповедник включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации. Повышение статуса музея привело к качественному улучшению бюджетного финансирования музея, повысило его престиж, позволило лучше решать вопросы развития материально-технической базы музея, активнее развивать все направления музейной работы.

В настоящее время усилия музея направлены на формирование и развитие музейного собрания, обеспечение безопасности музейных ценностей и создание оптимальных условий для их хранения. Одной из важных задач музея-заповедника является работа по комплектованию фондовых коллекций. Приоритетным направлением деятельности музея стала экспозиционно-выставочная работа. В последнее время музей активно участвует в зарубежных выставочных проектах. Важным направлением деятельности музея остаётся реставрация движимых и недвижимых памятников. Большая работа проводится по учёту и мониторингу памятников архитектуры. Одним из основных направлений деятельности музея является научно-исследовательская и издательская работа. Ежегодно по итогам научной работы проводятся научные конференции в музее. Издательская деятельность музея направлена на публикацию результатов научных исследований, популяризацию памятников истории и культуры, привлечению в музей более широких кругов населения, в том числе и иностранных туристов. Не менее значима работа по каталогизации музейных коллекций. Научно-просветительская работа музея направлена на популяризацию памятников музея, его коллекций, и на работу по  привлечению в музей посетителей. Посещаемость Кирилло-Белозерского музея-заповедника составляет около 260 000 человек в год (вместе с филиалом). 60% посещаемости составляет категория «Иностранные туристы». Сотрудники музея ежегодно проводят около 400 массовых мероприятий для 20 000 человек и читают около 500 лекций.