Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
12.07.2012
9 июля в музее работала съёмочная группа телевизионного агентства «Макском» из Японии
Готовится телепрограмма о речных путешествиях в России для японского телевидения. Передача планируется к выходу в эфир на крупнейшем телевизионном канале Японии – телеканале TBS (Tokyo Broadcasting System) в сентябре 2012 года.