Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
13.06.2012
11-12 июня в музее проходил военно-исторический фестиваль «Кирилло-Белозерская осада» на котором побывали более 6 тысяч зрителей.
Реконструкция была посвящена историческому периоду конца 16 – нач.17 вв. В фестивале приняли участие клубы исторической реконструкции: СВАРГА (Тула, Москва , Калуга), МОСКОВСКИЕ СТРЕЛЬЦЫ (Москва), СТАЛЬНОЙ ШЛЕМ (Череповец), ЗОЛОТОЙ ДРАКОН (Тула), ДРУЖИНА (Белгород), ЛЕТОПИСЬ (Воронеж), ГУЛЯЩИЕ ЛЮДИ (Москва), ВЕЛИКАЯ ГОСУДАРЕВА КРЕПОСТЬ (Кириллов), ВЛАДЫЧНЫЙ ПОЛК (Саранск).