Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
10.10.2011
3 октября сотруднику Музея фресок Дионисия Марине Сергеевне Серебряковой присуждена Премия имени академика Д.С. Лихачева за выдающийся вклад в сохранение культурного наследия России.
Заслуженная награда за многолетний труд в музее. Премия была учреждена Фондом имени Д.С. Лихачева и Правительством Санкт-Петербурга в 2006 году в честь 100-летия со дня рождения Д.С. Лихачева. Торжественная церемония вручения Премии состоится 28 ноября в Санкт- Петербурге.