Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
24.08.2008
24 августа – 29 августа на территории музея проходили съёмки нового художественного фильма
24 августа – 29 августа на территории музея проходили съёмки нового художественного фильма по книге Бориса Акунина «Пелагея. Белый бульдог» в постановке режиссера Юрия Мороза (кинокомпания «ЦентралПартнёрШип» и ООО «МОРОЗ фильм»). В съёмках принимали участие известные актёры, такие, как Н.Усатова, Полина и Ксения Кутеповы и многие другие. В массовке принимали участие жители города Кириллова и в том числе сотрудники музея.