Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
27.12.2013
Двое сотрудников музея награждены Почётной грамотой Министерства культуры РФ.
За большой вклад в развитие культуры и многолетнюю плодотворную работу Почётными грамотами Министерства культуры РФ награждены сотрудники музея – заместитель директора Илья Алексеевич Смирнов и заведующая отделом учета и хранения филиала «Музей фресок Дионисия» Галина Николаевна Лысенкова.
Почётная грамота является ведомственной наградой Министерства культуры РФ и вручается за успехи, достигнутые в данной сфере деятельности: внесение существенного вклада в развитие, сохранение и популяризацию российской культуры, искусства, кинематографии, историко-культурного наследия, архивного дела.