Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
23.07.2013
22 июля 2013 года музей принял 71 группу туристов.
22 июля – один из самых напряжённых дней. В этот день в музей прибыло 11 туристических теплоходов, на которых была 71 экскурсионная группа. Среди гостей преобладали англичане, немцы, французы и русские, но на территории музея можно было также встретить голландцев, датчан, турков, китайцев, поляков, итальянцев и испанцев. Почти половина всех экскурсий была проведена сотрудниками музея на иностранных языках. В основном, туристы знакомились с экспозициями в Архимандричьем корпусе и Казённой палате. Кроме того, как обычно помимо плановых групп в экскурсионную программу дня были включены и внеплановые группы. В общей сложности в музее побывали почти две тысячи посетителей.