Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
08.11.2012
2 ноября в конференц-зале музея состоялась встреча с Романой Челонтковской, профессором Гданьского политехнического университета, посетившей музей с целью обсуждения новых проектов в области реставрации памятников деревянного зодчества.
После встречи, для гостьи из Польши и сотрудников музея, был устроен праздничный концерт, посвященный Дню народного единства, с участием Елены Антоновой и детского ансамбля «Звездочки».