Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. В экспозиции представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IXтыс. до н.э.) до позднего средневековья. Наиболее полно показан период средневековья, и это делает экспозицию одной из крупнейших на северо-западе России.
В обширных сводчатых палатах монастырской Поварни XVI века размещаются выставки посвященные народному прикладному искусству, ремеслам и промыслам Белозерья.
Музеефикация монашеской кельи XVII века и примыкающих к ней помещений дала возможность представить архитектурный облик и интерьер жилища рядового инока Кирилло-Белозерского монастыря
07.11.2012
30 октября в музее прошли мероприятия посвященные Дню памяти жертв политических репрессий.
В конференц-зале участники мероприятий познакомились с новой выставкой «Птицы национального Парка «Русский север», затем в библиотеке сотрудник музея Т.С.Золотова прочитала лекцию «Кирилловский район в 30-е годы ХХ века». Завершилось мероприятие общением за чашкой чая в малом зале музея.