В военные годы Кирилловский музей продолжал работать, хотя количество сотрудников в нём сократилось: они уходят на фронт и на оборонные работы. Так, в первые дни войны были мобилизованы Иван Васильевич Гусев - научный сотрудник, Михаил Фёдорович Углов - завхоз музея. В августе направлена на оборонные работы экскурсовод исторического отдела Евгения Павловна Гайдамакина. Позднее были призваны в ряды Красной Армии директор музея Константин Васильевич Борисов (июль 1942 г), завхоз Иван Васильевич Петров (декабрь 1942 г), конюх Клубков (февраль 1943 г.), завхоз музея В.А.Андреев (май 1944 г.).

4 июля 1941 года в Доме культуры г. Кириллова состоялся общегородской митинг, посвящённый выступлению по радио Председателя Государственного Комитета Обороны Иосифа Виссарионовича Сталина, в котором приняли участие сотрудники музея. Выступая на митинге сотрудник музея Елизавета Александровна Столярова призвала присутствующих встать «… на защиту нашей культуры, наших богатств, добытых потом и кровью и уничтожить зарвавшегося врага». На митинге присутствовало 500 рабочих, служащих, граждан города.

В районной газете «Ленинское знамя» от 05.07. 1941г. было опубликовано сообщение о митинге «Мы готовы всегда встать на защиту социалистической Родины», в котором говорилось о том, что работники Кирилловского музея на митинге, посвящённом выступлению Председателя Государственного Комитета Обороны Иосифа Виссарионовича Сталина, заявили о готовности встать на защиту социалистической Родины. В этот день в ряды народного ополчения из музея записалось 13 человек.

В этой же газете от 06. 08. 1941 г. в заметке «Всемерную помощь Красной Армии» авторов Борисова и Швецова сообщается о митинге работников музея, на котором было решено внести однодневный заработок в фонд обороны социалистического Отечества.

Несмотря на тяготы военного времени сотрудники продолжали вести научно -просветительную работу. В августе месяце 1941 года создаётся передвижная выставка «Мы их били, бьём, и будем бить» с показом основных исторических событий героической борьбы нашей страны против немецких и польско-литовских интервентов, а также материалов об Отечественной войне. Позднее оформляется ещё одна выставка - «Героическое прошлое русского народа». Большой популярностью у населения пользовались агитационная витрина « Что ты сделал для фронта и победы над врагом?», выставки «Кирилловцы - фронту», «Животноводство на помощь фронту», «Герои фронта» и другие, которые, как правило, сопровождались беседами. В музее продолжалось и экскурсионное обслуживание. В книге учёта посетителей исторического отдела за 1940 - 1950 гг. отмечается, что за 3 квартал 1941 года проведено 44 экскурсии для учащихся, военнообязанных, эвакуированных с общим количеством 1093 чел. За это же время обслужено 1320 одиночных посетителей различных категорий трудящихся: рабочих и служащих, колхозников, учащихся, военнослужащих, пенсионеров и домохозяек.

Особая нагрузка на руководителей района, города, да и на всё население пришлась на осень и зиму 1941 -1942гг. Несколько воинских частей и подразделений расположились на территории райцентра Кириллов, в том числе и в музее. В связи с этим в декабре 1941 года пришлось демонтировать постоянную экспозицию, так как в трапезной палате монастыря устроили мастерские по ремонту самолётных двигателей.

В годы войны ощущался недостаток в кадрах: к примеру, сменилось шесть директоров музея, что естественным образом также отразилось на работе музея. В местной газете от 21.01 1942 г. было помещено объявление о том, что музею требуются на постоянную работу экскурсовод, дежурная музея и конюх. Вакансии завхоза и инвентаризатора появились в музее в ноябре 1943 года.

Музей стал штабом по организации работы кружков в средних и неполных средних школах Кирилловского района. Так, в апреле 1942 года зав. историческим отделом музея Татьяна Соломоновна Званская выступила на страницах газеты «Ленинское знамя» с призывом об улучшении краеведческой работы в школе. Она, в частности, предложила создать кружки по изучению края, выявлять участников Отечественной войны, которые проявили доблесть и героизм, собирать их фотографии и письма, а также материалы о помощи трудящихся фронту, семьям красноармейцам, заботе о детях. В этой же газете от 13 ноября 1942 года помещена статья директора музея Николая Курнакова «Музей в дни войны». В ней он сообщает о том, что музей в данный период решает три основные задачи: агитационно- массовую, краеведческую и пополнение фондов. В это время широко применялся выпуск плакатов, листовок, отражающих ход боевых действий и жизнь района. Например, научные сотрудники подготовили передвижные выставки о работе передового колхоза «1 –е Мая» Рожевского сельсовета (в наст. время Николоторжский с/с), «Будь готов к противовоздушной и противохимической обороне». В отделе письменных источников сохранился тематико – экспозиционный план этой выставки, а также есть запись о том, что 28.01.1942г. выставку приняла зав. Талицким клубом Петрова. За 2.5 месяца (октябрь - декабрь) 1942 года было прочитано 14 докладов, 7 бесед, организовано 6 передвижных выставок в колхозах, учреждениях города, на призывном пункте. В целях оказания методической помощи музей провёл инструктивное совещание с учителями по краеведческой работе. Учащимся школ и работникам политпросветучреждений для изучения были предложены темы: «Залежи торфа и использование его как удобрения», «Лекарственные растения района», «Рыбное хозяйство района», «Участие населения в Отечественной войне».

В это время старались следить и за сохранностью памятников в музее. Так, приказом №16 по Кирилловскому музею от 5/VI-1942г. обязанность технического руководителя ремонтно – реставрационными работами по памятникам была возложена на зав.хозяйством музея т.Петрова. За указанные работы оплата производилась из спецсредств музея в размере 100 рублей в месяц. Однако в этой должности И.В.Петров поработал недолго, так как в декабре 1942 года был призван в ряды РККА.

Над Кирилловским районом нависла угроза оккупации, поэтому осенью 1942 года музей стал готовиться к частичной эвакуации экспонатов: иконы 15 века из иконостаса Успенского собора были подготовлены к вывозу, оружие и колокола закопаны в Больших больничных палатах. Кроме того, музей взял на сохранение экспонаты, вывезенные из Великого Новгорода, а в последствие помог перевести их в более глубокий тыл.

В военные годы изменилось отношение государства к церкви. Это сразу отразилось на работе музея: в октябре 1943 года был закрыт антирелигиозный отдел « как несоответствующий настоящим задачам политпросветработы». На его месте в ноябре месяце приступили к созданию стационарной выставки «История края и Кирилло-Белозерского монастыря на фоне общей истории СССР», открытие которой состоялось в следующем году 25 мая 1944 года общественным просмотром.

Наиболее полные сведения сохранились в годовом отчёте и других документах музея за 1943 год. Планирование осуществлялось поквартально ввиду текучести и недостатка кадров. Планы представлялись для утверждения в РОНО и отдел пропаганды РК ВКП(б). В планах, в основном, отражалась политпросветработа музея, частично хозмероприятия по охране памятников и фондового имущества. Например, с 1 декабря на территории музея введена круглосуточная охрана, на которую была возложена и охрана фондов музея. Фонды опечатывались сургучными печатями и сдавались под охрану дежурным сторожам. Директор Елизавета Александровна Столярова пишет о том, что штат музея на 1943г. был утверждён в количестве 7 человек: директор музея, 2 научных сотрудника, остальные- хозяйственные должности. До 1 декабря штат был укомплектован не полностью. Например, работал всего один научный сотрудник. Однако сотрудники музея накапливали документы этого периода: графический материал (газеты, журналы, постановления, фотодокументы), материалы об участии населения г. Кириллова и Кирилловского района в Отечественной войне, письма с фронта. К сбору привлекались учащиеся школ, агитаторы. Музей предоставлял по мере надобности собранные материалы для докладов, использовал их для выставок. В помощь школам сотрудники музея разослали ряд методических указаний, разработок по отдельным вопросам краеведения, организовали при районном педагогическом кабинете выставку методических пособий, краеведческой литературы, планов кружков и т. п. Сотрудники музея, помимо бесед в школах по истории края, выступили и по местному радио. В этот же период работали передвижные выставки «Кирилловцы в Отечественной войне», « Колхоз «Перхино» в подготовке к весеннему севу», «Животноводство на службу фронту», «Кирилловцы - фронту» и т.п. Для оформления выставок использовали таблицы, фотографии, вырезки из газет, художественные рисунки. Музей размещал выставки в парткабинете райкома партии, где обычно проходили сессии Райсовета и партийные совещания, в Доме культуры во время проведения партконференции, на призывном пункте, различных курсов и семинаров работников сельсоветов, колхозов, а также в колхозах по избам - читальням с приложением методичек для проведения по ним бесед. За 1943 год выставками обслужено (по неполным данным) 7558 чел. По заданию Вологодского отдела народного образования две выставки были организованы для семинара зав. избами - читальнями в соседнем Чарозерском районе. В городе Кириллове музей установил агитвитрину, на которой еженедельно помещались фамилии передовиков сельского хозяйства района на посевной и уборочной работах. Одновременно с выставочной работой работники музея провели ряд бесед, лекций и докладов на предприятиях, в колхозах, на призывном пункте военкомата по истории Кирилло- Белозерского монастыря и г. Кириллова. В школах прочитано 5 лекций «Далёкое прошлое нашей Родины», «Происхождение жизни на земле», «История бывшего Ферапонтова монастыря», на которых присутствовало 180 школьников 5-9 классов. Основная масса лекций, что объясняется требованием времени, читалась на политические темы: «О текущем моменте Отечественной войны и международном положении», «О великой коалиции 3-х держав», «Всенародная помощь фронту» и т. д. Всего за 1943 год прочитано 60 лекций и бесед, на которых присутствовало 3249 чел. Небольшое количество прочитанных лекций и бесед объясняется, как уже отмечалось ранее, частой сменой кадров. В 1943 году музей посетили 1333 чел., а также приблизительно 3 тыс. чел. осмотрели архитектурно - исторические памятники самостоятельно по маршрутным указателям и наружному этикетажу на памятниках. Много было и неучтённых посетителей. Музей посещали военнослужащие, служащие, приезжающие в командировки и эвакуированное население, школьники (605чел.) Из взрослых посетителей преобладали колхозники. Всего проведено 55 экскурсий.

На проведение ремонтно-реставрационных работ в 1943 году было запланировано 6.5 тыс. руб., но эта сумма оказалась не израсходованной полностью из-за отсутствия квалифицированных рабочих кадров (каменщиков, кровельщиков) и строительного материала (гвоздей, красок, железа).

Пополнение фондов музея в отчётном году произошло за счёт культовых предметов XVII-XVIIIвв. из закрытых окрестных приходских церквей. Всего поступило 35 предметов. Проводилась общая инвентаризация всех музейных предметов.

Исполнительные органы Советской власти уделяли внимание работе музея и в военное время. Отчёт о работе музея заслушивался 11/VIII -43г. в Областном отделе народного образования. По отчёту были сделаны некоторые указания и обещана помощь по организации и оформлению исторической выставки. 13 ноября отчёт музея о состоянии и охране музейного имущества и памятников обсуждался на заседании Исполнительного комитета Кирилловского Райсовета депутатов трудящихся Вологодской области с повесткой дня «О состоянии охраны памятников архитектуры и искусства в Кирилловском районе». Исполком обязал директора музея упорядочить эксплуатацию зданий музея, прекратить их сдачу в аренду без оформления соответствующей документации; перезаключить договора со всеми арендаторами с соблюдением правил аренды зданий – памятников архитектуры; запретить проезд по территории; установить круглосуточную охрану и увеличить количество сторожей до 3-х человек; провести полную инвентаризацию имущества; обязать оформить выставку по истории края.

Правительственная комиссия по учёту и охране памятников искусства при Комитете по делам искусства, посетившая музей с 1 по 10 декабря 1943года, выработала рекомендации по улучшению охраны памятников: предложено установить гипсовые маяки на трещинах Свиточной и Вологодской башнях, исправить кровли на памятниках, запретить движение транспорта по музею.

Сотрудники музея участвовали и в культурной жизни города. Так, в феврале 1944года Кирилловский музей организовал в Доме культуры художественно - литературный вечер, который прошёл с большим успехом. С докладом на тему «Лицо врага» выступила научный сотрудник музея Вера Георгиевна Грабова. На примерах классической и современной литературы она показала, что представляют из себя немецко - фашистские захватчики. Доклад сопровождался декламацией отрывков из литературных произведений, пением, музыкой. В вечере приняли участие учащиеся школ города.

31 августа 1944 года дирекция музея помещает объявление в газете « Ленинское знамя» об открытии выставки исторического отдела. Входная плата одиночным посетителям - 3 руб., участникам экскурсий - 2 руб. с человека. Выставка работала с 10 часов утра до 18 часов вечера. Заявки на экскурсии принимались заранее.

В победный 1945 год штаты музея несколько увеличились и составили 10 чел., в том числе директор музея и два научных сотрудника, остальные - хозяйственные должности. Сотрудники музея продолжали накапливать материалы об Отечественной войне. Так, в феврале месяце в местной газете была помещена статья научного сотрудника музея Смеловой «Собирайте материалы о Великой Отечественной войне». В ней она призывает учителей, учащихся, агитаторов, заведующих избами-читальнями и клубами, граждан района собирать и сдавать в музей материалы об Отечественной войне: вещевые реликвии, документальные материалы, фотографии, плакаты, карикатуры, которые относятся к этой героической эпохе. В отчёте за данный год директор музея Николай Полиевктович Янусов пишет о том, что в апреле - мае в музее были открыты выставки «Героическое прошлое нашего народа», «Кирилловцы в дни Отечественной войны». Последняя построена на материале, собранном в Кирилловском районе и имела три раздела: 1) Кирилловцы в боях за Родину; 2) Кирилловцы на трудовом фронте; 3) Кирилловцы - фронту. Организована работа 12 выставок - передвижек: «Жизнь и работа В.И. Ленина», «Красная Армия в дни Отечественной войны», «Женщина - патриотка в СССР». Выставки посетили 6250чел. Прочитано 25 лекций и докладов, обслужено 844 чел. Музей посетило 1027 чел. Проведено 22 экскурсии для взрослых, для школьников -17.

Снижение количества посетителей можно объяснить тем, что в городе и районе значительно уменьшилось количество эвакуированных, которые стали возвращаться на освобождённые территории.

На ремонт памятников было отпущено 100 тыс. рублей и из спецсредств – 40872 рублей, но израсходовано было всего лишь 28322 рублей. На научно – исследовательскую работу из 2тыс. рублей запланированных израсходовано 165 рублей. План, составленный на год, (ряд бесед, краеведческая работа) выполнен не был из-за текучести кадров.

В книге отзывов и пожеланий за 1937 -1950гг. сохранились записи о посещении музея. Привлекает внимание сделанная карандашом запись Чистяковым И.М., который пришёл в музей «на 5 минут», так как уходит в Красную Армию добровольцем на смену павшему сыну. «Надо ехать расправляться с Гитлером». И подпись – доброволец 41г. Чистяков. Запись сделана 25июля 1941года.

18 июля 1943 года Кирилловский музей посетила группа бойцов и командиров: «Во время просмотра было дано хорошее пояснение к просматриваемым разделам в результате чего вся группа осталась очень довольной как самим музеем, так и экскурсоводом тов. Столяровой». Подпись руководителя неразборчива.

24 июля 1944г. в музее побывала группа вологодских художников - членов Союза Советских художников. Поездка была связана с подготовкой к юбилею 800- летия основания г. Вологды. В музее они сделали много зарисовок. Отметили, что «комплексы соборов и других построек производят чарующее впечатление – многие хорошо сохранились и прекрасно отражают свою эпоху. Но ряд сооружений требует немедленной реставрации – это неотложно. Хорошо развёрнут исторический отдел. По нашему мнению слишком мал штат для такой большой работы. На это следует обратить сугубое внимание». Подписи неразборчивы.

В музее длительное время велись книги учёта одиночных посетителей. Туда заносились сведения о социальном составе посетителей, годах рождения, в том числе сведения о инвалидах войны и демобилизованных воинах.

Сотрудники музея воевали с фашистами на разных фронтах.

Иван Васильевич Гусев (1908 -1971) с 1938 года работал художником – оформителем в Кирилловском музее. 23 июня 1941 года получил повестку в армию. Служил в звании сержанта художником - маскировщиком. Награждён орденом «Красной Звезды», медалями «За оборону Ленинграда», «За освобождение Праги», « За победу над Германией в Великой Отечественной войне». После демобилизации в 1945 году вернулся на работу в музей.

Иван Васильевич Петров (1904-1957) до войны работал бухгалтером Кирилловского музея. На фронте служил писарем, принимал участие в освобождении Болгарии и других европейских стран. Являлся участником боёв за город Констанца, получил благодарственное письмо от командования. Награждён медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941 - 1945 гг.». После демобилизации работал в музее завхозом.

К сожалению, сведений о боевом пути Костантина Васильевича Борисова, Михаила Фёдоровича Углова, В.А. Андреева, Клубкова в музее - заповеднике не имеется.

В разные годы в музее до или после войны работали участники войны Георгий Георгиевич Антипин, Валентин Иванович Вьюшин, Леонид Алексеевич Корнилов, Владимир Петрович Мартьянов, Серафима Кирилловна Петрова, Александр Фёдорович Поздняков, Анна Филипповна Тихинь, Иван Александрович Хрулев.

И в наши дни музей активно работает по увековечению памяти участников великой войны. В районе при непосредственном участии сотрудников музея изданы книги: «Книга Памяти», «Ветераны Великой Отечественной войны», «Труженики тыла». Изданы буклеты: «Кирилловцы – Герои Советского Союза. 1941-1945»; «Герой Советского Союза Евгений Николаевич Преображенский (1909 -1963). К 100-летию со дня рождения»; «Герой Советского Союза Владимир Николаевич Калачёв (1910-1942). К 100-летию со дня рождения»; «Герой Советского Союза Александр Васильевич Андреев(1921 – 2009)»; «Выставка «Судьбы, опалённые войной» (по материалам диска «Голоса победителей»). Реализован спецпроект «Голоса победителей» с записями воспоминаний участников войны, тружеников тыла, детей войны. К 65 – летию со дня Победы в Великой Отечественной войне издан каталог выставки «Навечно в памяти народной».